Os queijos artesanais são produtos vivos. Por não passar pelo processo de pasteurização adotado na fabricação dos queijos em escala industrial, o leite cru, matéria-prima desses alimentos regionais, contém combinações únicas de diversas espécies de bactérias. As variações de gosto, consistência e aroma dos queijos decorrem das características do leite (que pode ser de vaca, cabra, ovelha ou búfala) e de diferentes técnicas de produção, com a contribuição de bactérias láticas que produzem ácidos e outras substâncias. É assim em qualquer lugar onde são fabricados esses produtos artesanais, resultantes do processo de fermentação natural do leite, sem o auxílio de aditivos externos. Um trabalho recente determinou a diversidade de bactérias láticas presentes em 11 tipos de queijos artesanais brasileiros, como o coalho, do Nordeste, o Canastra, de Minas Gerais, e o colonial, do Sul.